مسجد جمکران، در 6 کيلومتري شهر مقدّس قم به طرف جادّه کاشان واقع شده است. اين مکانِ با عظمت، تحت توجّهات و عنايات خاصّه حضرت بقيّة الله (عج) قرار دارد و خود آن حضرت از شيعيانشان خواسته اند که به اين مکان شريف روي آورند.

درباره تاريخچه مسجد جمکران، شيخ حسن بن مثله جمکراني مي گويد: من شب سه شنبه، هفدهم ماه مبارک رمضان سال 393 ه.ق در خانه خود خوابيده بودم که ناگاه، جماعتي از مردم به در خانه من آمدند و مرا از خواب بيدار کردند و گفتند برخيز و طلب امام مهدي (عج) را اجابت کن که تو را مي خواند.
آنها مرا به محلّي که اکنون مسجد (جمکران) است آوردند. چون نيک نگاه کردم، تختي ديدم که فرشي نيکو بر آن تخت گسترده شده و جواني سي ساله بر آن تخت، تکيه بر بالش کرده و پيري هم پيش او نشسته است، آن پير حضرت خضر عليه السّلام بود.
پس آن پير مرا بنشاند.